随着神秘组织被成功瓦解，城市迎来了一段相对平静的时光。柯南和他的伙伴们也终于能够放松下来，享受这难得的宁静。
毛利小五郎重新专注于他的侦探事务所，凭借着之前解决重大案件的名声，生意越发红火。毛利兰则在空手道的训练上更上一层楼，在各种比赛中屡获佳绩。林羽继续投入到科技研发中，他的新发明引起了业界的广泛关注。灰原哀在医学领域也取得了重要的研究成果。
然而，这份平静并没有持续太久。一天，柯南在放学回家的路上，突然感觉到一股异样的气氛。街道上的人们行色匆匆，眼神中透露出不安和恐惧。
回到家中，他发现毛利小五郎正神情严肃地看着电视新闻。
“爸爸，发生什么事了？”柯南问道。
毛利小五郎皱着眉头说：“最近城市里出现了一系列离奇的失踪案件，很多人在毫无征兆的情况下消失得无影无踪。”
柯南心中一紧，一种不好的预感涌上心头。
第二天，学校里也在讨论着这些失踪案件，同学们都人心惶惶。
柯南决定和伙伴们一起调查此事。他们首先从失踪人员的家属和朋友那里收集线索，发现这些失踪人员之间似乎没有明显的关联。
“这太奇怪了，难道是随机作案？”毛利兰疑惑地说。
林羽分析道：“不太可能，一定有什么我们还没发现的规律。”
就在他们毫无头绪的时候，灰原哀发现了一个重要的线索。在所有失踪案件发生的地点附近，都发现了一种奇怪的符号。
“这个符号是什么意思？”柯南陷入了沉思。
他们开始查阅各种资料，试图解读这个符号的含义。
经过一番努力，他们发现这个符号与一个古老的神秘教派有关。
“难道是这个教派在背后搞鬼？”毛利小五郎说道。
为了深入了解这个教派，他们决定前往教派曾经活动过的地方进行调查。