炸弹危机解除后，柯南等人本以为可以松一口气，但他们很快发现事情并没有那么简单。
警方在对炸弹事件的调查中，发现了一些令人震惊的线索。这些线索似乎指向了一个在城市中隐藏极深的神秘组织，这个组织的势力庞大，触角伸向了各个领域。
“看来我们惹上了一个大麻烦。”毛利小五郎皱着眉头说道。
柯南沉思片刻：“这个组织如此神秘，却能策划这样的恐怖活动，背后一定有不可告人的目的。”
毛利兰担忧地说：“那我们该怎么办？”
林羽握紧拳头：“不管怎样，我们一定要揭开他们的真面目！”
灰原哀冷静地分析道：“我们需要从已有的线索入手，逐步深入调查。”
于是，柯南等人再次投入到紧张的调查工作中。他们发现这个神秘组织在城市的商业、政治和地下世界都有着深厚的影响力，通过操纵各种事件来获取巨大的利益。
在调查过程中，柯南等人遭遇了多次危险。有一次，他们在一个秘密的仓库中寻找证据时，突然被一群武装分子包围。
“你们别想活着离开这里！”武装分子头目恶狠狠地说道。
柯南等人毫不畏惧，与敌人展开了激烈的搏斗。
毛利兰的空手道功夫发挥得淋漓尽致，将一个个敌人打倒在地。林羽则利用他的高科技装备，干扰敌人的通讯和武器系统。
柯南凭借着聪明才智，找到了敌人的弱点，带领大家成功突围。
还有一次，他们的行踪被敌人发现，敌人在他们的住所安装了炸弹。
“不好，有炸弹！”灰原哀最先察觉到危险。
众人在千钧一发之际逃离了住所，炸弹随后爆炸，将房子夷为平地。
“这些家伙太疯狂了！”毛利小五郎愤怒地说道。
尽管面临重重困难，但柯南等人没有放弃。他们通过不断地收集线索和分析推理，逐渐接近了神秘组织的核心。
他们发现，这个组织的首领是一个极其狡猾和残忍的人，他一直隐藏在幕后，操纵着一切。
“一定要把他揪出来！”柯南坚定地说道。