随着新计划的逐步推进，林羽和他的团队面临着一系列严峻的挑战。
资源短缺是首要难题。尽管他们在神秘建筑中有了重大发现，但将这些发现转化为实际成果需要大量的资源支持。构建能源网络所需的特殊晶体、打造防御设施的稀有金属以及开展科研项目的精密仪器等资源都极度匮乏。各个基地在末日危机中资源储备本就有限，如今大规模实施新计划，资源的消耗速度远超预期。
“队长，我们按照计划扩大能源网络建设，但晶体的产量远远跟不上需求。现有的矿源已经过度开采，短期内难以找到新的供应渠道。” 负责资源调配的队员满脸忧虑地向林羽汇报。
林羽皱起眉头，思考片刻后说道：“组织勘探队，对周边更广阔的区域进行搜索。同时，研究是否有办法提高现有晶体矿的开采效率和提炼纯度。”
技术难题也接踵而至。新计划中的许多技术都是基于神秘建筑的发现，然而这些古老而先进的技术原理复杂，与现有的科技体系融合并非易事。例如，在构建能量护盾的过程中，如何确保护盾在抵御强大攻击的同时保持稳定的能量供应，以及如何实现护盾与其他防御设施的无缝衔接，成为了困扰科研人员的关键问题。
“这个能量转换机制的参数总是不稳定，一旦投入实战，护盾很可能在短时间内崩溃。” 科研室里，一位专家看着满屏的数据，无奈地摇头。
林羽来到科研室，鼓励大家说：“不要灰心，我们从神秘建筑中获取的信息还不够完整。大家重新梳理思路，从基础原理出发，结合我们已有的技术经验进行创新。”
不同基地之间的协调合作也存在诸多障碍。每个基地都有自己的管理体系和利益考量，在资源分配、技术共享和任务分工等方面容易产生分歧。一些基地担心自己在新计划中的贡献得不到相应的回报，或者在合作中泄露核心技术，因此对合作持谨慎态度。
“林羽队长，我们基地在资源输出上已经做出了很大的牺牲，但在技术引进方面却没有得到足够的支持。如果这种情况继续下去，我们很难继续参与合作。” 在一次基地联盟会议上，一位基地负责人直言不讳地表达了自己的不满。
林羽深知协调各方利益的重要性，他耐心地解释道：“新计划的成功实施离不开每个基地的努力。我们会建立更加公平、透明的合作机制，确保每个基地的付出都能得到合理的回报。同时，技术共享是为了共同应对末日危机，只有团结一心，我们才能有更大的胜算。”
此外，新计划的实施还受到外部环境的威胁。黑暗势力察觉到了人类的行动，开始频繁发动攻击，试图破坏新计划的推进。他们不仅袭击资源运输队伍，还对正在建设的能源设施和防御工事进行破坏。