在摧毁“暗影联盟”的据点后，柯南等人本以为能迎来一段平静的时光。然而，他们很快就发现，事情并没有那么简单。
一天，柯南在上学的路上，突然感觉到有人在跟踪他。他不动声色地加快脚步，试图摆脱跟踪者，但跟踪者却紧追不舍。
柯南拐进一条小巷，躲在一个拐角处。当跟踪者经过时，他突然跳出来，将跟踪者制服。
“说，你为什么跟踪我？”柯南质问道。
跟踪者是一个面容憔悴的男子，他惊恐地看着柯南：“我……我是被逼的。有人让我监视你。”
柯南皱起眉头：“是谁？”
男子颤抖着说：“我不知道，他们很神秘，我只知道他们在策划一个更大的阴谋。”
柯南意识到事情的严重性，他将男子交给了警方，然后把情况告诉了伙伴们。
“看来‘暗影联盟’并没有完全被消灭，他们还在暗中活动。”毛利小五郎说道。
林羽说：“我们必须尽快找到他们的踪迹，阻止他们的阴谋。”
就在这时，城市里发生了一系列离奇的案件。一些重要的人物相继失踪，现场留下了一些奇怪的符号。
柯南等人开始调查这些案件，他们发现这些符号与“暗影联盟”有关。
“这是他们给我们的挑衅。”毛利兰说道。
经过深入调查，他们发现“暗影联盟”正在进行一项可怕的实验，试图制造一种可以控制人类思维的病毒。
“如果这种病毒被释放，后果不堪设想。”灰原哀说道。